Одной из важнейших особенностей фауны является эндемизм. Эндемичными систематическими единицами называются виды, роды и другие таксономические единицы, которые встречаются только в какой-то определенной области и нигде более. В силу этого эндемики представляют специфический компонент любой фауны и абсолютно отличают ее от других фаун. Если более широко распространенные виды указывают на связи между фаунами, то эндемики резко отличают их друг от друга.
Эндемизм — второй характерный признак островной фауны — является результатом изоляции островов от других участков суши. На материках данный видообразование идет медленно, так как соседние популяции или даже подвиды вследствие контактов обмениваются особями, благодаря чему образуются зоны перекрывания и популяции или подвиды четко не разграничиваются. На островах подобные процессы идут гораздо быстрее, поскольку обмен особями между островными и материковыми популяциями (или популяциями соседних островов) не происходит, что приводит к возникновению новых подвидов, а затем видов и родов, четко обособленных от соседних. Поэтому большинство островов, кроме очень молодых (по времени образования) или не полностью изолированных, отличаются определенным уровнем видового или родового эндемизма. Самые древние острова (Мадагаскар, Новая Зеландия и др.) имеют даже эндемичные семейства. Степень эндемизма тем больше, чем древнее остров и чем он более удален от материка.
Таким образом, изоляция является причиной не только бедности и дефектности фауны, но и ярко выраженного островного эндемизма. Так, на Мадагаскаре, отделенном от Африки морским проливом шириной 400 км и ставшем островом еще в мезозое, живут эндемичные семейства млекопитающих (тенреки из насекомоядных, три се¬мейства лемуров) и птиц (нелетающие пастушковые куропатки, филапитты, ванги, а в прошлом и эпиорнисы), многочисленные эндемичные роды и огромное количество видов всех классов животных.
Количество эндемиков в различных фаунах неодинаково. Наиболее высок процент эндемизма в островных фаунах. Для образования эндемичных видов требуется не только географическая изоляция, но и продолжительное время. Длительное и непрерывное развитие фауны благоприятствует возникновению новых видов, в то время как быстрые изменения условий существования, наоборот, ведут к вымиранию одних и расселению других. Обилие эндемиков отражает длительность развития фаун.
Различия между эндемичными и неэндемичными компонентами фауны не абсолютны. В большинстве фаун есть так называемые субэндемики, или почти эндемичные таксоны (роды, виды).
В историческом смысле можно говорить о прогрессивном и реликтовом эндемизме. Прогрессивными эндемиками (неоэндемиками) считаются виды или роды, возникшие в фауне недавно и еще не распространившиеся за пределы ее территории. Это молодые новообразования, которые незначительно отличаются от остальных видов этого же рода. Между ними и другими видами, обитающими на одной территории, существуют легко различимые связи. Часто прогрессивные эндемики образуют группы близкородственных видов. Их экологические требования соответствуют окружающим условиям среды.
К реликтовым эндемикам (палеоэндемикам) относятся животные, ареал которых в прошлом был гораздо больше, а в настоящее время они сохранились лишь на отдельной территории. Реликтовые эндемики (их иногда называют консервативными) занимают в фауне, как правило, изолированное положение. Близкородственных видов у них нет, они систематически обособлены. Реликтовые эндемичные роды часто включают лишь несколько или всего-навсего один вид (монотипичные роды). Экологическая обстановка их «устраивает» относительно. Конечно, если бы она полностью не отвечала их потребностям, они бы давно вымерли. Однако распространение этих видов в ареале носит пятнистый характер, они узколокальны и связаны с ограниченными биотопами. Наличие в фауне реликтовых эндемиков говорит о том, что благоприятная для них обстановка сохраняется длительное (в геологическом смысле) время, пусть даже на небольшом пространстве. Замечательным примером реликтового эндемизма служит гаттерия Sphenodon punctatus — единственный представитель семейства клинозубых Sphenodontidae, отряда клювоголовых Rhyn-chocephalia рептилий, живущая в Новой Зеландии. Для консервативных эндемиков высокого ранга нередко характерно дизъюнктивное распространение.