В настоящее время еще не разработана стройная система номенклатуры и классификации белков.
В соответствии с функциональным принципом различают 12 главных классов белков:
- каталитически активные белки (ферменты);
- белки-гормоны (хотя есть и стероидные гормоны);
- белки-регуляторы активности генома;
- защитные белки (антитела, белки свертывающей и антисвертывающей систем крови);
- токсические белки;
- транспортные белки;
- мембранные белки;
- сократительные белки;
- рецепторные белки;
- белки вирусной оболочки;
- белки с иными функциями.
Были предприняты также попытки классифицировать белки, исходя из особенностей вторичной и третичной структуры. В соответствии с этим различают a-, β-, a+β- и a/β-белки. a-Белки содержат только α-спирали (не менее 60%), β-белки – только β-структуры (не менее двух антипараллельных цепей), a+β-белки – те и другие структуры в пределах одной полипептидной цепи (пример – молекулы лизоцима), а класс a/β-белков содержит множество a- и β-структур, чередующихся вдоль полипептидной цепи или домена.
Согласно иной классификации, обширный класс белковых веществ разделяют в зависимости от их химического состава и делят на:
- простые,
- сложные белки.
Простые белки построены из остатков аминокислот и при гидролизе распадаются соответственно только на свободные аминокислоты.
Сложные белки – это двухкомпонентные белки, которые состоят из какого-либо простого белка и небелкового компонента, называемого простетической группой. При гидролизе сложных белков, помимо свободных аминокислот, освобождается небелковая часть или продукты ее распада.
Простые белки в свою очередь делятся на основании некоторых условно выбранных критериев на ряд подгрупп:
- протамины,
- гистоны,
- альбумины,
- глобулины,
- проламины и др.
Классификация сложных белков основана на химической природе входящего в их состав небелкового компонента. В соответствии с этим различают:
- фосфопротеины (содержат фосфорную кислоту),
- хромопротеины (в состав их входят пигменты),
- нуклеопротеины (содержат нуклеиновые кислоты),
- гликопротеины (содержат углеводы),
- липопротеины (содержат липиды),
- металлопротеины (содержат металлы).