Недостатки периодического способа устраняются применением непрерывных способов культивирования. Данные методы характеризуются:

• непрерывным поступлением в ферментатор свежей питательной среды,
• непрерывным оттоком готовой культуральной жидкости вместе с клетками введенной культуры микроорганизма.

При непрерывном культивировании можно:

• задержать культуру на логарифмической стадии роста (или любой другой),
• установки могут длительно работать без остановки на дезинфекцию,
• время производства сокращается,
• процесс легче автоматизировать.

Различают гомогенно- и гетерогенно-непрерывное культивирование.

Гомогенно-непрерывный способ непрерывного культивирования, при котором во всех точках ферментатора, благодаря интенсивному перемешиванию, сохраняются одинаковые параметры среды и содержание микробной биомассы в единице объема остается все время постоянным.

Гетерогенно-непрерывный способ характеризуется незначительным перемешиванием среды или полным его отсутствием. При этом состав среды в любой точке аппарата различен, однако показатели системы в целом не изменяются во времени. Проводится в батарее последовательно соединенных ферментаторов. Питательная среда поступает поступает в первый ферментатор, а готовая культуральная жидкость вытекает из последнего. С помощью этого метода развитие культуры доводят до конца, включая этап отмирания. Таким образом добиваются полной переработки субстрата и максимального выхода продукта.

Непрерывное культивирование обеспечивает непрерывность и стандартность получаемого продукта. Процесс все время протекает с одинаковой скоростью, это позволяет его автоматизировать. Непрерывное культивирование влечет за собой и непрерывность других взаимосвязанных с ним процессов:

• стерилизации, охлаждения среды,
• подачи ее в ферментаторы,
• отбора из них культуральной жидкости.

Открытая (хемостатная) система - это система, когда все питательные компоненты могут поступать в реактор, в котором выращивается тот или иной микроорганизм, и удаляться из реактора в виде продуктов синтеза микроорганизмов (антибиотики, витамины, ферменты и т.д.) или биомасса самих микроорганизмов. При этом скорость поступления питательной среды в реактор и удаление из него продуктов синтеза или биомассы можно регулировать в нужной нам среде размножения микроорганизмов.