Попытки получения противовирусных вакцин с помощью генно- инженерного подхода до недавнего времени строились на выделении из вирусного генома того гена, который кодирует поверхностный белок вирусной частицы. Последний содержит несколько антигенных детерминант, против которых в организме переболевших или вакцинированных людей вырабатываются протективные (вируснейтрализующие) антитела.
На основе таких генов в составе рекомбинантной ДНК в клетках бактерий или одноклеточных эукариот осуществляли синтез вирусного белка, который после соответствующей концентрации и очистки должен был бы стать дешевой и безопасной противовирусной вакциной субъединичного типа. Именно таким образом была осуществлена экспрессия в бактериях или дрожжах генов, кодирующих поверхностный белок гемагглютинина вируса гриппа и ряд других белков. Эти препараты на основе полноразмерных вирусных белков явились первым поколением вакцин.
Второе поколение разрабатывалось уже на основе не цельных белковых молекул, а их отдельных участков — антигенных детерминант, или эпитопов. Такие вакцины, полученные химико-ферментативным синтезом или путем частичного протеолиза нативных вирусных белков, уже успешно применяются в случае ящура. Было показано, что они безопасны, не обладают побочным действием, но весьма дороги.
Альтернативным способом получения этих короткоцепочечных олигопептидов является их синтез на матрице рекомбинантной ДНК в подходящей клетке-реципиенте с последующим встраиванием в белок-носитель. Такая вакцина была произведена на основе антигенных детерминант вируса гепатита В, и при ее введении вырабатывались протективиые антитела.
Любые вакцины на основе естественных антигенных детерминант обладают существенным недостатком, а именно: у большей части вирусов, поражающих человека и животных, такие эпитопы расположены в участках белка, первичная структура которых подвержена сильной изменчивости (особенно у вируса гриппа). Благодаря этому вирусы легко преодолевают барьеры иммунной системы организма. В то же время в структуре их белков существуют консервативные участки, потенциально способные вызывать образование антител, но по каким- то причинам неиммуногенные или слабо иммуногенные в составе нативной вирусной оболочки.
Получение этих консервативных участков генно-инженерными методами и их использование для вакцинации приведет к созданию вакцин третьего поколения с неприродными антигенными детерминантами и очень широкого спектра действия, возможно, на уровне рода.