Органы дыхания — гортань (larynx), дыхательная трубка (bronchus) и легкие(pulmo)—возникают общим зачатком — кармано-подобным выпячиванием на вентральной стороне пищеварительного канала, позади жаберной области. Конец выпячивания, расширяясь и дифференцируясь, разветвляется; две ветви, вырастающие в сторону и назад, развиваются в бронхи и легкие. Срединная (между этими ветвями) часть развивается в трахею. На верхнем конце выпячивание, преобразовавшись в трубку, остается связанным с кишкой; при этом передний расширенный участок ее дифференцируется в гортань. У низших позвоночных зачатками легких являются мешкообразные расширения на концах бронхов.

У птиц и млекопитающих в результате обильного ветвления бронхов, развития на их концах многочисленных легочных пузырьков и благодаря специфической тканевой дифференциации создается орган дыхания очень сложной организации. Хотя у человека легкие начинают функционировать лишь после рождения, развитие легких с легочными пузырьками происходит на ранних стадиях развития. На восьмой неделе закладывается и хрящевой скелет дыхательной трубки.

Печень (hepar) у всех позвоночных возникает из энтодермального эпителия брюшной стороны duodenum. Зачаток желчного пузыря возникает на заднем конце первичного задатка печени. Параллельно развивается и поджелудочная железа (pancreas), один из двух зачатков которой возникает из брюшной стенки duodenum. Образующееся здесь выпячивание развивается в проток поджелудочной железы. Второй дорсальный зачаток поджелудочной железы у амниот образуется на спинной стороне duodenum, впереди зачатка печени. Структура поджелудочной железы и система протоков варьируют у разных позвоночных.