При КМР можно оздоровить растения от нематод, грибных и бактериальных патогенов за счет:
- небольшого размера экспланта,
- его поверхностной стерилизации,
- асептического переноса на питательную среду,
- субкультивирования в условиях, исключающих инфицирование.
Но этого недостаточно для оздоровления полученного при КМР посадочного материала от вирусов, вироидов, микоплазм. В то же время именно вирусные болезни - причина потери 10-50 % урожая сельскохозяйственных культур, размножающихся вегетативно, а многие бобовые растения передают вирусы потомству и при семенном размножении.
Для получения безвирусного посадочного материала используют культивирование меристем стебля или органов стеблевого происхождения, в трудных случаях дополняя его термотерапией (выдерживанием растительного материала в течение нескольких дней при температуре более 40 °С). Можно вырастить растения из апикальной меристемы, состоящей из конуса нарастания и одного или двух листовых зачатков (лучше вообще без листовых зачатков, но чем их больше, тем легче идет морфогенез). Зона, свободная от вирусных частиц, очень различна для разных вирусов. Это зависит также от вида и сорта растений. Так, при вычленении апикальной меристемы картофеля величиной 2 мм (конус нарастания апекса с одним листовым зачатком) среди полученных растений только 10 % были свободны oт X вируса, но 70 % - от Y-вируса картофеля.