Сосуществование микро- и макроорганизма может быть трех видов:

• симбиоз, когда сосуществование микроба и макроорганизма выгодно обоим (например, кишечная палочка в кишечнике);
• комменсализм (от франц. commensal — сотрапезник), при котором ни микроб, ни макроорганизм не влияют один на другой, но и не вредят один другому;
• паразитизм, когда микроб живет за счет макроорганизма, вызывая болезнь.

Наблюдаются несомненные переходы между этими тремя состояниями. Инфекционная болезнь может быть не только результатом непосредственного действия микроба на ткани, но и вследствие нарушения естественного равновесия между сапрофитными бактериями, между бактериями и вирусами или между паразитом и его носителем, что ведет к дисбактериозу. В этих условиях индифферентный комменсал или безвредный симбионт становится паразитом, вызывает тяжелое заболевание и даже гибель макроорганизма. Такие ситуации часто возникают при лечении антибиотиками, которое может быть направлено своим острием против определенной группы возбудителей, обеспечивающих антагонистические отношения между микробами и устранение которых нарушает установившееся равновесие микробной флоры, например, в кишечнике.

Нередко на фоне лечения антибиотиками неожиданную активность начинают проявлять грибы, особенно из группы Candida, что может привести к тяжелому, а иногда смертельному грибковому сепсису. Большинство возбудителей болезней попадает в организм человека из внешней среды через входные ворота, например, через кишечник с пищей, вдыхаемым воздухом через легкие, при укусах насекомых через поврежденную кожу или слизистые оболочки и т. п. Это экзогенное заражение. Возбудитель болезни может долгое время находиться в организме и не причинять ему вреда, а затем при ослаблении защитных сил организма или при дисбактериозе оказывается патогенным. Такое проявление инфекционной болезни носит название эндогенной инфекции, или аутоинфекции. Способность микробов проникать в ткани во многом зависит от содержания в капсуле микробов ферментов, особенно большая роль здесь принадлежит гиалуронидазе. Чем больше в оболочке микроба этого фермента, тем большей способностью проникновения он обладает. Бактерии, проникнув в ткани, быстро в них размножаются и проявляют свое патогенное воспалительное действие.

Несколько иначе ведут себя вирусы: они размножаются только в клетках, а вне клетки остаются инертными и неспособными к самовоспроизведению. Проникая в клетку, они черпают в ней энергию для размножения (репродукции), используя для этого ультраструктуры клетки и подавляя специфическую функцию клетки.