Большую роль в почвообразовательном процессе играют микроорганизмы. Развитие микроорганизмов в почве тесно связано с органическим веществом: чем богаче почва растительными остатками, тем больше микроорганизмов содержится в ней. Особенно богаты ими культурные, хорошо обрабатываемые и удобряемые навозом почвы.

Микроорганизмы неравномерно распределены в почвенной толще. Наиболее богаты ими верхние слои почвы в пределах примерно 30—40 см, с глубиной число микроорганизмов постепенно уменьшается.Большое влияние на распределение микрофлоры в почве оказывает корневая система растений. Она постоянно выделяет в окружающую среду различного рода органические и минеральные соединения, которые служат хорошим источником питания для микроорганизмов. В прикорневой зоне растений обычно создаются наиболее благоприятные для микроорганизмов водный и воздушный режимы. Эта прикорневая зона называется ризосферой. В ней число микроорганизмов в сотни, а иногда в тысячи раз больше, чем вне зоны расположения корней. Микроорганизмы покрывают корневую систему растений почти сплошным слоем. Обилие микрофлоры в ризосфере и во всей почвенной толще играет большую роль в развитии почвенного плодородия.Микроорганизмы, разлагающие органические остатки в почве, разделяются на три основные группы:

• аэробные бактерии,
• анаэробные бактерии,
• грибы.

Аэробные бактерии могут жить и размножаться только при свободном доступе воздуха, т. е. в аэробных условиях. Недостаточное поступление воздуха угнетающе действует на жизнедеятельность этих бактерий, а полное прекращение доступа воздуха вызывает гибель.Анаэробные бактерии развиваются без доступа свободного кислорода, т. е. в условиях анаэробных. Анаэробы разделяются на облигатные анаэробы (лат. obligatus — обязательный, непременный), которые могут жить только при полном отсутствии кислорода, и на факультативные анаэробы (pfacultatif — возможный, необязательный), способные жить как в отсутствие кислорода, так и в присутствии его.

Для дыхания анаэробные бактерии используют кислород различных окисленных соединений, производя при этом восстановительную работу. Поэтому восстановительные процессы весьма характерны для анаэробных почвенных условий.В рыхлых, хорошо проветриваемых почвах всегда преобладает аэробный процесс разложения органического вещества. Наоборот, в почвах, уплотненных, тяжелых или заболоченных, со сплошным залеганием органического вещества неизбежно будут доминировать анаэробные процессы. В верхних слоях почвы, куда свободно проникает воздух, идут главным образом аэробные процессы, в нижних слоях с затрудненным газообменом— анаэробные. Больше того, в каждом отдельном, более или менее уплотненном, комочке почвы могут одновременно протекать оба процесса: внутри комочка анаэробный, в поверхностных частях — аэробный.

Аэробный процесс сопровождается выделением тепловой энергии, анаэробный протекает без заметного повышения температуры. Препараты живых бактерий люди пытались вносить в почву с тех пор, как только была выяснена роль микроорганизмов в питании растений.К традиционным бактериальным удобрениям относятся нитрагин, азотобактерин, препарат силикатных бактерий, фосфобактерин, препарат АМБ, однако возникновение принципиально новых ЭМ-препаратов.

Главным достоинством бактериальных удобрений является то, что они — экологически чистые удобрения: в почву попадает то, что там и так есть и что должно там быть, только в несколько большем количестве. Даже очень хорошее минеральное удобрение не гарантирует отсутствия в нем вредных примесей, да и в органических может накопиться немало нежелательных добавок, так как большинство из них содержит растительные остатки, которые могут быть, например, загрязнены тяжелыми металлами.

Нитрагины — это препараты клубеньковых бактерий, живущих на корнях бобовых растений. Само название говорит о том, что главная их «работа» — добывать азот. Сложность заключается в том, что у каждого бобового растения клубеньковые бактерии свои, а разрабатывались эти препараты в основном для сельскохозяйственных культур. Самым приемлемым для цветника открытого грунта окажется люпииовый нитрагин: он подкормит не только люпин, но и всех его соседей.

Азотобактерин содержит также азотфиксирующие бактерии, но не клубеньковые, а свободноживущие, и потому может быть полезен любому растению. Он особо эффективен на рыхлых почвах.

Силикатные бактерии способны высвобождать из сложных соединений и переводить в доступные для растений формы калий и фосфор (а заодно и микроэлемент алюминий).

Фосфобактерин, «специализируется» на обеспечении растений фосфором.

Название препарата АМБ расшифровывается как «аутох-топная микрофлора Б». «Авто(ауто-)хтонный» — то же самое, что «аборигенный», то есть постоянно живущий в данном месте. Микрофлорой по старой систематике называли все микроорганизмы, считая, что и бактерии, и прочая живая сверхмелкота относится к растительному царству. Иными словами, такой препарат содержит готовое сообщество различных бактерий, аналогичное уже живущему в грунте.

ЭМ препараты в этом смысле близки к АМБ-препарату с той разницей, что вместо всех без разбора возможных почвенных бактерий в них входят, можно сказать, лучшие их представители, даже элита.

Главным неудобством в применении традиционных бактериальных удобрений является то, что порции их рассчитаны на большие сельскохозяйственные площади, так что даже для небольшого дачного участка они, как правило, слишком велики. Что уж говорить о комнатных цветах! А вот ЭМ-препараты нового поколения и в этом смысле более гибкие.