В качестве органов выделения у целомических животных, как правило, имеются метанефридии. Метанефридий – неразветвленный канал, начинается в целоме воронкой с ресничками – нефростомом, и заканчивается выделительной порой. Метанефридии функционируют в тесной связи с кровеносной системой и целомом. Выделяемая ими жидкость образуется в результате:
- ультрафильтрации,
- избирательной реабсорбции,
- активной секреции.
Сначала происходит ультрафильтрация – фильтрация на уровне молекул. Плазма крови, находясь под давлением, фильтруется через стенки кровеносных сосудов в целом. В некоторых участках стенки кровеносных сосудов образованы специальными клетками – подоцитами. Между подоцитами имеются промежутки, где полость сосуда отделена от целома только базальной пластинкой целотелия – она и служит фильтром. Крупные молекулы (например, дыхательные пигменты) не проходят и остаются в крови, а вода с растворёнными малыми молекулами и ионами поступает в целом. Таким образом, целомическая жидкость представляет собой ультрафильтрат крови – первичную мочу.
За счет работы ресничек воронки метанефридия, целомичесая жидкость поступает в канал метанефридия, который густо оплетен кровеносными капиллярами. В процессе продвижения жидкости по каналу между ней и кровью происходит обмен веществами. Вода, многие ионы, растворимые углеводы и т.п. возвращаются в кровь (избирательная реабсорбция), а продукты метаболизма (аммиак, мочевина и другие) концентрируются в канале метанефридия (в том числе за счёт активной секреции), а затем выводятся наружу.
В метанефридиальной выделительной системе фильтрационный барьер находится на границе между кровеносной системой (первичной полостью) и вторичной полостью тела. Далее, в канале метанефридия, никакого фильтра нет. Поэтому у нецеломических животных органами выделения не могут быть метанефридии (это был бы сквозной канал из первичной полости тела во внешнюю среду, и кровь с дыхательными пигментами выводилась бы наружу).
У первичнополостных или паренхиматозных животных органами выделения являются протонефридии.
Протонефридий – это тонкий каналец, вдающийся глубоко в полость тела или паренхиму, где он слепо заканчивается терминальной клеткой. Это крупная клетка с одним или несколькими длинными жгутиками, обращёнными в полость канальца (пучок колеблющихся жгутиков под микроскопом напоминает мерцающее пламя свечи, поэтому терминальные клетки протонефридиев называют "клетками ресничного пламени"). Между терминальной клеткой и первой клеткой канальца есть промежутки, образованные только базальной пластинкой – она и служит фильтром. Жидкость из первичной полости тела (или тканевая жидкость у паренхиматозных животных) фильтруется через эти промежутки в полость канальца. Биение жгутиков терминальной клетки создаёт ток жидкости в канальце, направленный вовне. Клетки канальца могут осуществлять реабсорбцию или секрецию ионов, за счёт чего протонефридий может участвовать в осморегуляции. У паренхиматозных животных (например, плоские черви) протонефридиальные канальцы ветвятся и образуют сложную сеть, дренирующую всю толщу паренхимы. Мелкие канальцы сливаются в крупные выделительные протоки.