Предками млекопитающих были примитивные пресмыкающиеся, еще имевшие ряд общих признаков с земноводными. В связи с этим современные млекопитающие имеют определенное сходство в строении не только с пресмыкающимися, но и с земноводными. Конечности млекопитающих, как и земноводных, имеют голеностопное и предплечно-запястное сочленения, череп обладает широким основание (платибазальный тип), в коже находятся многочисленные железы, от сердца отходит одна – левая – дуга аорты, почка выделяет преимущественно мочевину, а не мочевую кислоту.
С пресмыкающимися млекопитающих сближают общие черты в строении скуловой дуги (синапсидный тип, свойственный вымершим звероящерам: имеется одна скуловая дуга, образованная элементами как нижней – скуловая кость, так и верхней – чешуйчатая кость – височных дуг черепа диапсидного типа). Некоторые современные примитивные млекопитающие обнаруживают и другие черты сходства с пресмыкающимися: так, плечевой пояс однопроходных имеет нагрудник, коракоид и прокоракоид, эти животные имеют клоаку и откладывают яйца.
На фоне сходства с земноводными и пресмыкающимися млекопитающие характеризуются высоким уровнем организации, что выражается прежде всего в гомойотермности и прогрессивном развитии нервной системы. В головном мозгу крупных размеров передний мозг (полушария) покрывает сверху большую часть остальных отделов. Строение переднего мозга млекопитающих весьма специфично. Если у пресмыкающихся и птиц основную массу переднего мозга составляют полосатые тела, занимающие нижние участки полушарий, а крыша мозга остается тонкой, то у млекопитающих наиболее сильно развита именно крыша. Это кора головного мозга – расположенное ровным слоем по периферии полушарий скопление нервных клеток (серое вещество). Благодаря такой компоновке увеличивается количество нервных клеток в мозгу, кроме того, поверхностное расположение обеспечивает лучшее их кровоснабжение. В плаще переднего мозга млекопитающих преимущественное место занимает новая кора, сильно потеснившая другие его отделы – старую кору и древнюю кору. Толщина серого вещества – коры полушарий – у различных млекопитающих примерно одинакова, и увеличение числа нервных клеток может достигаться лишь увеличением поверхности коры за счет образования борозд и складок. Кора полушарий содержит ассоциативные центры, связанные с высшей психической деятельностью, а также высшие чувствующие (зрительные, слуховые, осязательные) и двигательные центры. В связи с высокой подвижностью млекопитающих крупных размеров достигает мозжечок. Усложняется его внутреннее строение, усиливаются связи с двигательными центрами коры полушарий переднего мозга.
Обоняние у млекопитающих более тонкое, чем у других позвоночных. Орган обоняния – обонятельный эпителий – располагается в верхнезадней части носовой полости. Сложная система обонятельных раковин резко увеличивает занятую им площадь, кроме того, сложная конфигурация обонятельной полости способствует очищению, согреванию и увлажнению вдыхаемого воздуха.
Орган слуха млекопитающих имеет более сложное строение, чем у других позвоночных. Появляется хорошо развитое наружное ухо, представленное ушной раковиной и наружным слуховым проходом. Подвижная ушная раковина концентрирует и направляет в наружных слуховой проход звуковые волны, которые колеблют барабанную перепонку. В среднем ухе млекопитающих расположены три подвижно сочлененные между собой слуховые косточки. В дополнение к стремечку, имеющемуся у земноводных, пресмыкающихся и птиц, у млекопитающих появляется еще молоточек и наковальня. Молоточек образуется из сочленовной кости, а наковальня из квадратной. Улитка внутреннего уха достигает высокого развития, и в ней обособляется сложно устроенный кортиев орган, который непосредственно и служит воспринимающим отделов органа слуха.
Аккомодация глаза достигается только путем изменения кривизны хрусталика за счет сокращения расположенной по его периферии ресничной мышцы. Прогрессивное развитие относительно большого поля бинокулярного зрения позволяет фокусировать оба глаза одновременно на одном предмете.
Ткань легких млекопитающих состоит из многочисленных легочных пузырьков – альвеол, способствующих значительному увеличению поверхности соприкосновения респираторного эпителия с воздухом.
Система органов кровообращения у млекопитающих также имеет прогрессивные черты. Для форменных элементов крови, обеспечивающих ее дыхательную функцию, - эритроцитов – характерны отсутствие ядер, небольшие размеры и высокая численность в крови. Маленькие эритроциты, при одинаковой форме с большими, имеют относительно большую поверхность при той же массе вещества. Следовательно, при уменьшении размеров эритроцитов возрастает их общая дыхательная поверхность. Отсутствие ядер в эритроцитах влечет за собой понижение обмена веществ этих клеток, в связи с чем они сами меньше потребляют кислорода и больше отдают его тканям. Несмешанное кровообращение обеспечивает лучшее снабжение тканей тела кислородом и питательными веществами.
Разнокачественность зубов (гетеродонтность) возникла в результате специализации различных групп зубов для схватывания добычи, разгрызания, пережевывания. Сложная дифференцировка пищеварительного тракта и деятельность многочисленных пищеварительных желез способствует интенсивному перевариванию пищи с помощью разнообразных ферментов.
В поддержании постоянной температуры тела важное значение имеет волосяной покров, обеспечивающий термоизоляцию и отчасти терморегуляцию. Важную роль в теплозащите организма может играть и подкожный слой жира. Потовые железы, имеющие важное значение как дополнительные органы выделения, могут служить у млекопитающих и целям терморегуляции, смачивая поверхность тела потом, который, испаряясь, охлаждает организм.
Постановка конечностей млекопитающих отличается более совершенным типом: они не расставлены в стороны, и тело не провисает между ними, как у пресмыкающихся. В связи с этим упрощается строение плечевого пояса. Важное значение имеют хрящевые мениски, расположенные между позвонками.
Большинство живородящи. Хотя по характеру процесса формирования зародыша млекопитающие, в общем, сходны с пресмыкающимися и птицами, их яйцеклетка очень мала, и развитие зародышевых оболочек весьма специфично. Желточный мешок зародыша, полость которого не содержит питательных веществ, исчезает рано. На ранних стадиях у зародыша появляются амнион и аллантоис, которые достигают сильного развития. Сероза срастается с внешней стенкой аллантоиса и дает многочисленные отростки, врастающие в стенку матки, - образуется так называемая плацента, характерная для большинства млекопитающих. Через плаценту зародыш может питаться, дышать и осуществлять процесс выделения за счет материнского организма. После рождения детеныши млекопитающих выкармливаются молоком матери, продуцируемым специфичными млечными железами – видоизмененными потовыми железами кожи. Длительное развитие детенышей в утробе матери (или сумке) и вскармливание их после рождения молоком способствует лучшему выживанию молодняка.