Совершенствование опорно-мышечной системы значительно увеличивает подвижность амниот по сравнению с анамниями. Это выражается в полном окостенении скелета, в большей дифференцировке позвоночного столба, усилении поясов конечностей и укреплении их связи с осевым скелетом.
Образование гибкой шеи и усиление подвижности головы имело первостепенное значение при добывании пищи и при ориентировке. Подвижность головы обеспечивается дифференцировкой первых двух шейных позвонков – атланта и эпистрофея. Голова поворачивается в стороны на зубовидном отростке, а в вертикальной плоскости движение обеспечивается единственным затылочным мыщелком. Строение позвонков шейного отдела различно: амфицельные (рыбьего типа), процельные (передневогнутые), опистоцельные (задневогнутые).
К грудным позвонкам причленяются длинные ребра, брюшные концы которых с помощью хрящевых отделов прикрепляются к грудине, образуя замкнутую грудную клетку. К грудине прикрепляется плечевой пояс. К крестцовому отделу из 2 позвонков крепится тазовый пояс.
Плечевой пояс пресмыкающихся сходен с поясом земноводных, но в нем сильно развиты окостенения. Коракоид в месте соединения с лопаткой образует суставную впадину для причленения головки плеча. Сверху к лопатке прирастает уплощенный надлопаточный хрящ, а спереди к коракоиду – хрящевой прокоракоид. Коракоид и прокоракоид каждой стороны срастаются с непарной костной грудиной, через грудную клетку пояс передних конечностей крепится к осевому скелету. Снизу к грудине прирастает крестообразная покровная кость – надгрудинник. Парные покровные ключицы соединяют передний конец надгрудинника с дорзальной частью каждой лопатки. Такая конструкция усиливает прочность плечевого поса. У черепах надгрудинник и ключицы входят в брюшной щит панциря, у крокодилов хорошо развиты лишь коракоиды и лопатки.
Тазовый пояс состоит из двух безымянных костей, каждая из них образуется слиянием трех тазовых костей - подвздошной, седалищной и лобковой, совместно образующих вертлужную впадину, составляющую сустав с головкой бедра. Подвздошные кости сочленяются с поперечными отростками крестцовых позвонков. У всех современных пресмыкающихся таз закрытый: правые и левые лобковые и седалищные кости соединяются друг с другом по средней линии симфизом – хрящевой перемычкой.
Парные конечности отличаются у разных видов и групп пресмыкающихся в зависимости от преобладания тех или иных способов передвижения. Но обычно они сохраняют общую схему строения парных конечностей наземных позвоночных. В отличие от земноводных у пресмыкающихся в передней конечности подвижный сустав расположен между двумя рядами косточек запястья (интеркарпальный сустав), а в задней конечности – между рядами косточек предплюсны (интертарзальный сустав).
Череп полностью окостеневает. Затылочная область состоит из 4 замещающих костей: верхней, основной и двух боковых. Они окаймляют затылочное отверстие, книзу от которого лежит единственный мыщелок. Покровная основная клиновидная кость лежит впереди основной затылочной, образуя дно черепа. Впереди к ней прирастает небольшой парасфеноид, и располагаются парные сошники, сбоку от которых лежат хоаны. В области слуховой капсулы возникают три ушные кости: переднеушная (сохраняющая самостоятельность), заднеушная, срастающаяся с боковой затылочной, верхнеушная срастается с верхнезатылочной. Обонятельная область остается хрящевой. Крыша образована парными покровными носовыми, предлобными, лобными и заднелобными. Далее лежат теменные и непарная межтеменная. Последняя имеет отверстие для теменного органа. Бока образуют покровные кости – парные межчелюстные, верхнечелюстные, надглазничные, скуловые, квадратно-скуловые, чешуйчатые. Небно-квадратный хрящ в задней части дает начало парным хондральным окостенениям – квадратным костям (верхним отделом, связанным с мозговой коробкой, а нижним – с нижней челюстью). Передняя часть небно-квадратного хряща заменяется покровными костями, образующими дно черепа: парными небными и крыловидными. Поперечные кости соединяют крыловидные кости с верхнечелюстными, а у ящериц и гаттерий еще и верхнекрыловидные, или столбчатые, кости связывают крыловидные кости с теменными. У черепах и крокодилов разрастанием небных отростков межчелюстных и верхнечелюстных костей, а также небных образуется вторичное костное небо. Нижняя челюсть образуется из меккелева хряща, замещаемого хондральной костью – сочленовной, причленяющейся к квадратной кости, и ряда кожных костей: зубной, угловой, надугловой, венечной и иногда еще несколько косточек.
Верхний отдел подъязычной дуги превращен в стремечко. Подъязычный аппарат состоит из хрящевой пластинки и трех пар рожков, гомологичных гиоидам и остаткам жаберных дуг. У древнейших пресмыкающихся верхняя и боковые стенки черепа были составлены многочисленными покровными костями и имели вид сплошного костного панциря. Такой череп называется стегальным. Дальнейшая эволюция шла по пути постепенного сокращения числа покровных костей стегального черепа таким образом, что на месте редуцировавшихся костей образовывались окна (височные ямы), ограниченные относительно тонкими костными мостиками (височными дугами). Эти преобразования черепа, с одной стороны, вели к его облегчению, что важно при обитании в значительно менее плотной, чем вода, воздушной среде, с другой стороны, окна, образовавшиеся на месте исчезнувших костей крыши черепа, были использованы для увеличения объема челюстной мускулатуры, исходно размещенной под панцирем. Развитие челюстной мускулатуры прямо вязано с повышением активности питания.
У большинства групп пресмыкающихся в процессе редукции панциря из кожных окостенений крыши черепа образовались две височные ямы: верхняя, ограниченная снаружи верхней височной дугой (заглазничная и чешуйчатая кости), и боковая, ограниченная сверху верхней, а вентрально – нижней (скуловая и квадратно-скуловая кости) височными дугами. Такой тип черепа – диапсидный. У некоторых его обладателей редукция костей пошла дальше в направлении утраты одной или даже обеих височных дуг. Типично выраженный диапсидный череп характерен из ныне живущих форм для гаттерии и крокодилов. У ящериц частично редуцируется (прерывается) нижняя височная дуга, а у некоторых и верхняя. У змей редуцированы обе височные дуги. От диапсидных рептилий произошли птицы (у них сохранилась нижняя дуга, но редуцирована верхняя).
У части рептилий эволюция височной области черепа пошла по пути образования только одной височной ямы, ограниченной единственной височной дугой, составленной скуловой и чешуйчатой костями. Поскольку в диапсидном черепе скуловая кость – характерный элемент нижней височной дуги, а чешуйчатая – верхней, такая дуга называется смешанной, а рептилии с таким черепом – синапсиды. Среди современных рептилий синапсидов нет. Такой тип черепа характерен для потомков пресмыкающихся – млекопитающих.
У одной из ветвей примитивных пресмыкающихся редукция покровных костей крыши шла иным путем: у них образование выемки на заднем краю покровного панциря привело к формированию на каждой стороне ложной височной ямы, обрамленной снаружи и снизу широким костным мостиком из заглазничной, квадратно-скуловой и чешуйчатой костей. Такие пресмыкающиеся относятся к анаспидам (бездужным). Из ныне живущих к ним относятся черепахи.