Изменения черепа в процессе эволюционного развития организмов обусловлены:
- прогрессивным развитием головного мозга и органов чувств,
- заменой жаберного дыхания лёгочным.
- сменой различных способов питания, что было связано с переходом организмов из водной среды на сушу.
Осевой череп состоит из мозговой коробки (вмещающей головной мозг), носовых капсул (окружающих органы обоняния) и ушных капсул (заключающих внутреннее ухо). Мозговая коробка подразделяется на передний (прехордальный) и задний (хордальный) отделы. Прехордальный отдел объединяет глазничную и носовую области черепа, хордальный — затылочную и ушную. Прехордальный отдел развивается из трабекулярных хрящей и расположенных над ними глазничных (орбитальных) хрящей. У эмбрионов хордальный отдел развивается вокруг головного конца хорды из расположенных по его сторонам парахордальных хрящей и ушных капсул. Парахордалии соответствуют слившимся невральным дугам наиболее передних позвонков, что позволяет говорить о «позвоночном» происхождении хордального отдела. У кистепёрых рыб оба отдела остаются самостоятельными, у остальных позвоночных они срастаются у эмбрионов. Прехордальный отдел вмещает обычно только передний мозг (большие полушария), хордальный — большую часть головного мозга. На черепе взрослых животных границу между отделами обозначают по линии гипофиза и отверстия для выхода из черепа тройничного нерва. Носовые капсулы срастаются с прехордальным отделом. У кистепёрых рыб и наземных позвоночных помимо наружных ноздрей имеются внутренние (хоаны), открывающиеся в переднюю часть ротовой полости.
В зависимости от строения глазничного отдела различают платибазальный и тропибазальный типы строения мозговой коробки. В платибазальном черепе прехордальный отдел имеет широкое основание, головной мозг проникает в глазничную область (круглоротые, акуловые и двоякодышащие рыбы, современные земноводные, млекопитающие). В тропибазальном черепе прехордальный отдел имеет узкое основание, большие полушария расположены позади глазничной области (остальные позвоночные).
Висцеральный Ч. служит опорой для передней части пищеварительного тракта. Он состоит из метамерно расположенных хрящевых дуг, охватывающих подобно обручам начальный отдел пищеварительного тракта. У всех позвоночных, исключая наиболее примитивных — бесчелюстных, передние висцеральные дуги преобразованы в челюсти. Хрящевая основа верхней челюсти — нёбноквадратный хрящ сформировался в результате слияния верхних отделов двух передних дуг — предчелюстной и собственно челюстной. Хрящевая основа нижней челюсти — меккелев хрящ — соответствует нижнему отделу второй висцеральной (челюстной) дуги. Верхний отдел третьей висцеральной (гиоидной) дуги у рыб превращен в т. н. подвесок, обычно участвующий в прикреплении челюстей к осевому черепу. У большинства рыб челюстная дуга сочленяется с осевым черепом. только посредством подвеска (гиостилия). У химер и двоякодышащих рыб, а также у наземных позвоночных нёбноквадратный хрящ непосредственно соединяется с осевым черепом без участия подвеска (аутостилия). У наземных позвоночных подвесок превращается в слуховую косточку, проводящую звуки от барабанной перепонки к внутреннему уху, задние висцеральные (собственно жаберные) дуги преобразуются в подъязычную кость и хрящи гортани. У млекопитающих появляются дополнительные слуховые косточки — наковальня и молоточек, сформировавшиеся из отчленившихся задних элементов нёбноквадратного и меккелева хрящей — квадратной и сочленовной костей.
У высших рыб и у наземных позвоночных эмбриональный хрящевой череп более или менее окостеневает и, кроме того, покрывается образующимися в глубоких слоях кожи т. н. покровными, или кожными, костями. Снаружи покровные кости образуют крышу черепа в состав которой входят носовые, лобные, теменные, чешуйчатые и др. кости. Первоначально в крыше черепа имелись отверстия лишь для глаз и ноздрей, но у большинства наземных позвоночных позади глазниц имеются отверстия — височные окна, разделённые височными, или скуловыми, дугами. Функция верхних челюстей переходит к верхнегубным покровным костям — предчелюстным и челюстным. Покровные кости нёбноквадратного хряща — нёбные и крыловидные — формируют нёбную поверхность костного черепа. У некоторых пресмыкающихся и млекопитающих за счёт этих костей формируется вторичное нёбо, отделяющее область хоан от главной части ротовой полости.