Первичным зачатком пищеварительной системы является энтодермальная трубка, передний конец которой заканчивается слепо, а задний переходит в нервно-кишечный канал. В дальнейшем спереди образуется эктодермальное впячивание, которое соприкасается с передним концом трубки и прорывается в нее. Таким образом из эктодермы образуется передняя часть ротовой полости, а место слияния эктодермального и энтодермального зачатков у низших хордовых остается в виде паруса. Сзади имеется такое же эктодермальное впячивание, за счет которого образуется анальное отверстие, или задняя часть клоаки. Передняя часть пищеварительной трубки за счет прорыва в ней отверстий превращается в глотку, несущую пищеварительную и дыхательную функции. В этой области у водных позвоночных образуются жабры. Задняя засть глотки дает начало легким, щитовидной и зобной железе. Задняя часть пищеварительного тракта образует переднюю часть клоаки, а также аллантоис, а у лягушек и дефинитивный мочевой пузырь.
Остальная часть трубки является чисто пищеварительной. Располагаясь в полости тела, она одета висцеральным листком брюшины и первоначально крепится им к дорсальной и вентральной стенкам полости тела. Позднее вентральная часть редуцируется, и трубка остается подвешенной только на дорсальной складке, называемой брыжейкой. У большинства хордовых этот отрезок пищеварительной системы подразделяется на отделы различной специализации.
Ротовая полость у высших имеет челюстной аппарат. Зубы разнообразны, и их форма зависит от характера пищи. У наземных позвоночных в ротовую полость открываются многочисленные слюнные железы. В их секрете появляются пищеварительные ферменты. С дном ротовой полости связан язык. Помогает перемешиванию пищи, выполняет хеморецепторную функцию.
Глотка как отдел пищеварительной системы играет важную роль у водных хордовых (наличие эндостиля). У рыб зубы имеются и на внутренних поверхностях жаберных дуг. У некоторых костистых имеются верхние и нижние глоточные зубы. У наземных позвоночных глотка - это очень короткий отрезок пищеварительной трубки, где происходит перекрест пищеварительных и дыхательных путей.
Пищевод - короткий или удлиненный отрезок пищеварительной системы, соединяющий ротоглоточную полость с желудком. У костных рыб начало пищевода имеет сфинктер, препятствующий излишнему проникновению воды в кишечник. В стенках пищевода много слизистых желез. У хрящевых рыб, змей и некоторых других стенки пищевода могут ороговеть и образовывать выросты, препятствуя обратному движению добычи. У птиц расширение пищевода - зоб.
Желудок - расширение пищеварительной трубки, накапливающее и активно обрабатывающее пищу. У костистых рыб на границе желудка и кишечника имеются пилорические придатки. У птиц желудок разделен на передний отдел (железистый) и задний (мускульный). Многие птицы заглатывают камешки. Строение желудка млекопитающих разнообразно и зависит от типа пищи.
Двенадцатиперстная кишка - начальный отдел тонкого кишечника, в который открываются желчные протоки и протоки поджелудочной железы. Идут процессы всасывания. Стенки имеют ворсинки. В тонком кишечнике идут процессы пищеварения и всасывания. Увеличение всасывающей поверхности идет за счет удлинения этого отдела. Слепая кишка появляется у рептилий. Имеет вид небольшого слепого выроста. У птиц часто достигают большой длины. Здесь идет дополнительная обработка пищи и всасывание.
Основная функция толстого кишечника - всасывание воды из пищевой массы. При этом продолжается всасывание питательных веществ и разложение клетчатки при помощи бактериальной флоры. У многих рыб поверхность толстой кишки увеличивается за счет спирального клапана.
Прямая кишка - последний отдел пищеварительного тракта, в котором окончательно формируются каловые массы. Пищеварительный тракт заканчивается анальным отверстием.
Печень - крупная пищеварительная железа. Функции многообразны, одна из них выделение желчи.
Поджелудочная железа у всех позвоночных имеет двойную структуру. Это мелкие островки Лангенгарса и ткань собственно поджелудочной железы. Первые - железы внутренней секреции, выделяющие в кровь инсулин. Пищеварительная часть выделяет панкреатический сок.