Парные почки млекопитающих принадлежат к типу метанефрических тазовых (эволюционно появляются в результате сближения протонефрической трубочки и клубочка, клубочек окружается боуменовой капсулой, через которую осуществляется фильтрация). Расположены в поясничной области по бокам позвоночника, плотно прилегая к спинной стороне тела. У переднего конца каждой почки видно небольшое желтовато-розовое образование- надпочечник. Почка имеет бобовидную форму, от ее внутренней стороны в месте выемки берет начало мочеточник, который тянется назад и впадает в мочевой пузырь. Проток мочевого пузыря открывается у самцов в мочеполовой канал, проходящий внутри полового члена, а у самок самостоятельным отверстием или наружу, или в преддверие влагалища.
Семенники имеют удлиненную яйцевидную форму и у подавляющего большинства видов находятся в мошонке - мышечном выпячивании брюшной стенки, снаружи покрытой кожей. На дорсальной поверхности передней части семенника расположен узкий удлиненный придаток семенника (остаток мезонефрической почки), от придатка отходит семяпровод, который через паховый канал направляется в брюшную полость. В конечную часть каждого семяпровода открываются изогнутые семенные пузырьки. Семяпроводы впадают в начальный отдел мочеполового канала, сюда же открываются протоки предстательной железы (разжижение спермы).
Парные яичники представлены небольшими гроздевидными телами, расположенными около почек, к ним подходят парные яйцеводы, открывающиеся в полость тела расширенными воронками, и впадающие в рога матки (более толстостенные трубчатые образования). Правый и левый рога матки сливаются в короткую матку (если рога матки открываются каждый самостоятельно – двураздельная матка, если одним отверстием – двурогая матка, при полном слиянии задних отделов яйцеводов – простая матка), которая открывается во влагалище, которое, в свою очередь, открывается наружу половым отверстием. В матке происходит развитие зародыша и образуется плацента «детское место». Большинство млекопитающих живородящие, яйцеклетка очень мала, развитие зародышевых оболочек весьма специфично. Желточный мешок зародыша, полость которого не содержит питательных веществ, исчезает рано. На ранних стадиях у зародыша появляются амнион и аллантоис, которые достигают значительного развития. Сероза срастается с внешней стенкой аллантоиса и дает многочисленные отростки, врастающие в стенку матки, образуется плацента, характерная для большинства млекопитающих. Через плаценту зародыш может питаться, дышать и осуществлять процессы выделения за счет материнского организма; кровеносные сосуды зародыша и матери настолько тесно соприкасаются в плаценте, что обеспечивают поступление питательных веществ и кислорода из крови матери и отдачу продуктов обмена. После рождения детеныши выкармливаются молоком, продуцируемым млечными железами (видоизмененные потовые железы - апокриновые).