Об энтодермальных органах можно говорить лишь с большими оговорками, так как в развитии органов пищеварения и дыхания принимают участие производные не только энтодермы, но всех трех зародышевых листков. В зависимости от типа гаструляции у позвоночных развитие органов пищеварения происходит разными путями. Поэтому следует рассмотреть сначала развитие пищеварительного канала у низших позвоночных с характерным для них полным дроблением, а затем у животных с частичным дроблением яиц.

Дном первичного кишечника у ланцетника служит клеточный материал энтодермы, крышей его—материал презумптивных хорды и мезодермы. Дефинитивный пищеварительный канал у ланцетника начинает формироваться после того, как хорда и мезодерма отъединяются в ходе развития эмбриона от энтодермы и возникает полость, выстланная только клетками энтодермального происхождения.

У миног и миксин, у ганоидных и двоякодышащих рыб, амфибий происходит то же:

• крыша архентерона, образованная презумптивной хордой и отчасти мезодермой, из-за морфогенетических перемещений клеточного материала обособляется от энтодермы;
• края энтодермального пласта клеток соединяются, и в результате образуется полость, выстланная энтодермальными клетками.

Возникающая кишка, однако, неодинакова в разных участках. Передняя часть — передняя кишка, более расширена и выстлана тонким пластом клеток. Задний участок — средняя кишка несколько уже, ее дорсальная (обращенная к спине) стенка состоит также из тонкого пласта энтодермальных клеток, но вентральная стенка очень толстая, она образована массой больших клеток с обильным количеством желтка и в полость глотки, а задняя часть — в печеночный дивертикулум (полый слепой вырост), который у лягушек является зачатком печени и поджелудочной железы, а у саламандр, по данным Балинского, участвует в формировании желудка и двенадцатиперстной кишки.

Этот исследователь тщательно проследил развитие пищеварительного канала у лягушек. Выяснено, что энтодерма передней кишки принимает участие наряду с эктодермой в развитии энтодермального эпителия рта, а также:

• глотки,
• пищевода,
• желудка,
• передней половины двенадцатиперстной кишки (duode-num),
• легких,
• печени,
• части поджелудочной железы.

Энтодермальные клетки средней кишки— источник формирования эпителия задней половины duodenum, части поджелудочной железы, а также всего остального кишечника и клоаки.