Источником для развития энтодермального эпителия пищеварительного канала служит участок эпибласта в составе первичной полоски. Этот материал в ходе гаструляции мигрирует под эпибласт и оказывается в составе гипобласта, содержащего, кроме того, клетки желточной энтодермы. Впоследствии полоска презумптивной кишечной энтодермы удлиняется и образуется складка — «кишечный желобок». Срединный участок полоски лежит под презумптивной хордой и презумптивными сомитами. Лежащие рядом, справа и слева, участки сгибаются книзу, сходятся и соединяются по средней линии.

Внутренняя поверхность складки идет на формирование энтодермы кишки; наружная поверхность складок является продолжением энтодермального слоя, выстилающего желточный мешок. Замыкание трубки происходит в направлении от переднего, а затем и заднего концов к срединному участку. Передний и задний слепые концы формирующейся кишечной трубки прилегают непосредственно к соответствующим участкам кожной эктодермы.

Пищеварительная трубка замыкается сначала на переднем конце зародыша. Она соответствует передней кишке амфибий, а замыкающийся впоследствии задний участок кишечного желобка соответствует средней кишке. На границе между передней и средней кишками остается участок кишечного желобка, в котором он не замыкается полностью и где образующийся кишечник продолжает быть в связи с желточным мешком. Сначала очень широкое отверстие постепенно уменьшается, превращаясь в узкое отверстие стебелька, соединяющего полость «кишки с полостью желточного мешка.

Участки, соответствующие полости рта и глотки, уплощены и растянуты в поперечном направлении, причем, участок глотки в виде глоточных мешков вытягивается вперед. Участки же, соответствующие пищеводу, желудку и duodenum, округляются; в поперечном направлении они не уплощены. Округляется также и средняя кишка. Пищевод у высших позвоночных сильно удлиняется по сравнению с таковым у амфибий.

В связи с неравномерным ростом и влиянием соседних частей тела происходят изгибы и перемещения разных участков развивающегося пищеварительного канала. Так:

• передний конец желудочной области (будущая основная часть желудка) перемещается на левую сторону,
• пилорический отдел желудка перемещается вниз и к середине.

Передний участок двенадцатиперстной кишки принимает поперечное положение. Передняя и средняя кишки, оканчиваются слепыми выростами.

Анальное, или клоакальное, отверстие у млекопитающих и птиц образуется так. Клоакальное отверстие у них—новообразование; оно появляется вследствие «прободения» стенки тела в месте контакта с ней заднего конца средней кишки. На стадии поздней гаструлы на заднем конце обособления зародышевых пластов не происходит, между массой эктодермальных и энтодермальных клеток мезодерма не проникает, так что в этом участке образуется двухслойная пластинка. - клоакальная мембрана. В ходе развития зародыша, когда происходит обособление средней кишки от желточного мешка, клоакальная мембрана оказывается в непосредственном соседстве со стенкой кишки. Она расположена сначала дорсально, но положение ее изменяется в связи с развитием впереди мембраны хвостовой почки, и в конце концов клоакальная мембрана оказывается у основания хвоста обращенной вниз. Контактирующаяся с клоакальной мембраной часть кишки расширяется, формируется клоака.