Эмбрион в ходе гаструляции, как и до нее, не растет. Для происходящих при гаструляции процессов клеточного деления, перемещения пластов клеток и других явлений требуется затрата энергии. Она возникает при диссимиляции. Происходят процессы распаде запасных веществ эмбриона или же (например, у млекопитающих) необходимая энергия получается в конечном счете от материнского организма.

Период гаструляции — период бурных морфогенетических процессов, которые, конечно, сопровождаются и энергичным метаболизмом; при этом он приобретает существенные особенности по сравнению с предыдущими стадиями развития зародыша. Потребление кислорода заметно возрастает на стадии гаструлы. Так, по данным Б. Коэна, на стадии дробления за час яйцо лягушки поглощает 0,054 мл3 на миллиграмм сухой массы, на стадиях средней и поздней гаструлы — соответственно 0,141 и 0,162 мл3.

Происходят и качественные изменения диссимилятивных процессов, однако эти изменения недостаточно изучены, а имеющиеся разрозненные данные пока трудно интерпретировать.

У зародышей амфибий и морских ежей на стадии дробления, вероятно, не происходит распад белков. Очень заметно уменьшается в ходе дробления количество углеводов, в особенности гликогена. Экспериментально доказано, что яйца амфибий, помещенные в атмосферу азота (в анаэробные условия) развиваются нормально; при этом происходит гликолиз, что очевидно из появления молочной кислоты. Кроме того, в аэробных условиях происходит также нормальное развитие; при этом на стадии гаструлы потребление кислорода увеличивается. Вероятно, у эмбрионов некоторых животных возможны компенсаторные изменения в метаболизме, при развитии эмбрионов в меняющихся условиях.

По мнению А. С. Спирина и др. (1964), исследовавших биохимические процессы по ходу развития вьюна на всех стадиях развития происходит синтез белка и рибонуклеиновых кислот. Однако до стадии поздней бластулы не происходит программирования рибосом новосинтезированной мРНК. Полирибосомные белоксинтезирующие структуры цитоплазмы до стадии поздней бластулы содержат относительно стабильную матричную РНК, синтезированную не ядрами зародыша, а материнским ядром в процессе оогенеза. По мнению авторов, перед гаструляцией наступает период, когда информосомы (комплексы мРНК с белком), синтезированные ядрами клеток зародыша, репрограммируют рибосомы. При этом возможен частичный или полный распад старой материнской мРНК.