За первичной ротовой полостью находится глоточный, или жаберный, отдел кишечной трубки. Часть ее принимает участие в образовании окончательной ротовой полости, эпителий которой, таким образом, составлен из участков эктодермального и энтодермального происхождения. В развитии глоточной области важную роль играют энтодермальные производные, связанные с производными других зародышевых пластов. О ведущей роли энтодермы в некоторых из процессов формообразования можно говорить лишь условно.

У амфибий жаберный отдел кишки со свойственными ему структурами развивается из передней, расширенной, кишки. В конце нейруляции возникают попарно, одна вслед за другой, начиная с участка, лежащего позади нижнечелюстной дуги, выпячивания боковых стенок глоточной области. Это жаберные карманы. Разрастаясь, они проникают через массу мезодермальных клеток до презумптивного эпидермиса, на поверхности которого возникают борозды (желобки), соответствующие приблизившимся энтодермальным мешкам. Происходит соединение наружных слоев клеток энтодермальных выпячиваний и внутреннего клеточного пласта желобка. В результате перфорации образовавшейся пластинки появляются жаберные щели. Благодаря этим отверстиям полость глоточной кишки сообщается с внешней средой. Закладка жаберных щелей наблюдается у всех позвоночных.

У водных жабродышащих животных формируются органы дыхания — жабры, на стенках жаберных щелей развиваются жаберные нити — внутренние жабры. Однако даже у некоторых водных позвоночных (у костистых рыб и амфибий) жаберные мешки первой пары остаются замкнутыми, и соответствующие жаберные щели и жаберные структуры не развиваются.4

У рептилий, птиц, млекопитающих и человека жабры никогда не функционируют как органы дыхания, но жаберные щели развиваются. У зародыша человека с каждой стороны возникают четыре жаберные щели, чаще же всего закладывается еще и слабо развивающаяся пятая щель. Однако дальнейшего развития жаберного аппарата, образования жаберных нитей не происходит. Это характерно для всех высших позвоночных, причем у некоторых даже не возникают и жаберные отверстия. На это явление давно обратили внимание зоологи, и оно считается одной из ярких иллюстраций рекапитуляции.

Однако этот случай нельзя рассматривать просто как «воспоминание» эмбрионов высших животных о происхождении от низших, дышащих жабрами форм. Хотя почти вся система структур начинающего развиваться жаберного аппарата редуцируется, развитие некоторых органов обусловлено этим кажущимся бесполезным формированием жаберного аппарата. У зародышей человека и у всех высших позвоночных первая пара жаберных мешков участвует в возникновении:

• наружных слуховых отверстий,
• полости среднего уха,
• евстахиевой трубы.

Вторая пара глоточных щелей у зародыша человека принимает участие в образовании нёбных миндалин. За счет энтодермальных клеток, отделяющихся от стенок третьего, четвертого и пятого жаберных мешков, развиваются железы с внутренней секрецией:

• зобная (тимус),
• околощитовидные(паратиреоидные) железы или эпителиальные тельца.