Развитие любого организма происходит в биотической среде, большинство организмов развивается в нестерильных условиях (в почве, водоемах, на суше) и в контакте с другими животными или растениями, которые могут оказать непосредственное действие и играть заметную роль в изменении солевого и газового состава среды развивающегося эмбриона, в изменении температуры и т. д.

Многие органические вещества, составляющие естественную среду для эмбрионов и являющиеся продуктами жизнедеятельности находящихся в этой среде животных и растений, несомненно играют не меньшую роль в жизни зародышей, чем неорганические соединения.

Многие моллюски, черви, амфибии, все рыбы и ряд других животных откладывают яйца в водную среду, в которой может находиться большое количество бактерий, грибов и простейших. Многие насекомые развиваются в сильно инфицированной среде, даже в разлагающихся трупах животных или растений (мухи- из родов Phormia, Calliphora и др.).

Развитие зародышей моллюсков Physa fontinalis L. тормозится или они убиваются под влиянием летучих фитонцидов ряда прибрежноводных, плавающих и подводных (погруженных) растений.

Эмбрионы клещей и мясных мух чувствительны к фитонцидам многих высших растений, между тем они проявляют исключительную стойкость в отношении антибиотиков низших растений, продуцируемых бактериями и грибами (пенициллин, грамицидин,стрептомицин и др.). Это, несомненно, приходится ставить в связь с тем, что в ходе эволюции эмбрионы указанных животных адаптировались к токсическим веществам низших растений, с которыми эмбрионы находятся неизбежно всегда в контакте.

В 60—70-е годы появился ряд научных сообщений, приковывающих особое внимание эмбриологов. Эмбриональное развитие некоторых животных, по-видимому, невозможно без какого-то своеобразного симбиотического участия микроорганизмов. Так, К Д. Спиндлер и В. А. Мюллер (1972) выяснили, что для метаморфоза планул Hidractinia echinata требуется участие бактерий: без стимулов, исходящих от них, метаморфоз не происходит.

Экспериментально доказано влияние микроорганизмов на процессы оседания, прикрепления и метаморфоза личинок ряда беспозвоночных животных:

• кишечнополостных,
• кольчатых червей,
• щупальцевых,
• иглокожих.

Обнаружено значение симбиотических микроорганизмов в процессах бесполого размножения сцифистом. Так, для стробиляции Mastigias papia необходимо присутствие симбиотических зооксантелл. У лишенных симбионтов полипов медузы Cassiopea andromeda стробиляция прекращается. Если полип снова инфицировать зооксантеллами, то через несколько недель стробиляция возобновляется.