В зависимости от числа карбоксильных групп и аминогрупп в молекуле выделяют:

• нейтральные аминокислоты - по одной группе NH2 и СООН;
• основные аминокислоты - две группы NH2 и одна группа

СООН;

• кислые аминокислоты - одна группа NH2 и две группы СООН.

Нейтральные аминокислоты содержат гидроксильные (серин, треонин) или карбоксамидные группы (аспарагин, глутамин). Хотя амидные группы не ионогенны, молекулы аспарагина и глутамина высоко полярны.

Карбоксильные группы боковых цепей кислых аминокислот — аспарагиновой и глутаминовой — полностью ионизированы во всем диапазоне физиологических значений рН. Аналогичным образом, боковые цепи основных аминокислот — лизина и аргинина — полностью протонированы в нейтральной области рН. Сильно основной, а, следовательно, очень полярной аминокислотой, является аргинин, содержащий гуанидиновую группировку.

Нейтральные аминокислоты остаются в свободном состоянии, кислые присутствуют в виде моноаммонийных солей или в виде солей с основными аминокислотами; последние из-за неполного вымывания частично теряются.  

Нейтральные аминокислоты не разделяются ни в одном из этих буферных растворов, но их фракционирование можно осуществить при последующем электрофорезе в других условиях, а также с помощью хроматографии. Перенос фракции нейтральных аминокислот в другую систему очень удобно сделать путем пришивания.

Нейтральные аминокислоты содержат органические не способные ни принимать, ни отдавать протон.

Аргинин замедляет рост опухолей, в том числе раковых, за счет стимуляции иммунной системы организма.

Аспарагин необходим для поддержания баланса в процессах, происходящих в центральной нервной системе: препятствует как чрезмерному возбуждению, так и излишнему торможению. Он участвует в процессах синтеза аминокислот в печени.

Глютаминовая кислота является нейромедиатором, передающим импульсы в центральной нервной системе. Эта аминокислота играет важную роль в углеводном обмене и способствует проникновению кальция через гематоэнцефалический барьер.

Глютамин – это аминокислота, наиболее часто встречающаяся в мышцах в свободном виде. Он очень легко проникает через гематоэнцефалический барьер и в клетках головного мозга переходит в глютаминовую кислоту и обратно, кроме того увеличивает количество гамма-аминомасляной кислоты, которая необходима для поддержания нормальной работы головного мозга.

Гистидин – это незаменимая аминокислота, способствующая росту и восстановлению тканей, которая входит в состав миелиновых оболочек, защищающих нервные клетки, а также необходима для образования красных и белых клеток крови

Лизин – незаменимая аминокислота, входящая в состав практически любых белков. Он необходим для нормального формирования костей и роста детей, способствует усвоению

Серин необходим для нормального обмена жиров и жирных кислот, роста мышечной ткани и поддержания нормального состояния иммунной системы.

Треонин – это незаменимая аминокислота, способствующая поддержанию нормального белкового обмена в организме. 

Аргинин важен для клеточных функций, развития мышечной массы, лечения эректильной дисфункции, высокого кровяного давления и застойной сердечной недостаточности.

Метионин — это незаменимая аминокислота, которая производит несколько важных молекул в организме. Эти молекулы необходимы для правильного функционирования клеток.

Цистеин в человеческом организме участвует в глутатионовом и тауриновом синтезе. Для корректной функции ЦНС не обойтись без таурина. Он важен для контроля артериального давления и здоровья органов зрения. Способствует увеличению объема мышц и сжиганию излишних жировых отложений.